国家棉花工程技术研究中心是科技部在新疆成立的首个国家级农口工程技术研究中心。该中心1996年1月筹建，2000年12月通过验收并正式挂牌命名。2001年完成法人登记为全额拨款事业单位。2006年，由于国家级名称无法在新疆本地完成法人资质年度审核，中心名称变更为：新疆农业科学院棉花工程技术研究中心（国家棉花工程技术研究中心）。自成立以来，工程中心实行开放、流动的机制，其人员由固定人员和流动人员构成。按照“创新、产业化”的建设方针，围绕功能定位，通过主持承担国家和自治区各类棉花重大项目，在实践中探索棉花产业科技与经济结合的途径，为推动新疆棉花产业发展发挥了重要作用。
职责任务：
围绕国家和新疆棉花生产发展中的重大关键技术需求，策划、组织实施重大科技项目；
围绕棉花纺织产业一体化发展要求，探索棉产业链关键技术工程化研究；
围绕国家和新疆棉花产业及科技发展规划，建立和完善聚集人才、共享资源的开放式的区域棉花技术创新和工程化研发平台；
围绕持续增效和棉农增收，建立和完善棉产业信息库和技术服务体系。
