新疆特殊环境微生物实验室作为自治区首批重点实验室，成立于2002年，是我区唯一一家专业从事特殊环境微生物资源挖掘和开发利用的创新平台。实验室拥有一支创新能力强、学术水平高的人才队伍，现有研究员14人，博士/在读博士生32人。近五年，先后投资近2000万元对实验设备更新配套，以及科研条件建设，先后执行了国家863课题、国家和自治区重点研发课题、农业部公益性行业科研专项、国家自然基金等重大科研项目，创立了特殊环境微生物系统鉴定、保藏及功能研究技术平台，建立了世界首个耐辐射微生物资源库，并在农业绿色健康种植、废弃物资源化利用、畜禽无抗养殖等领域取得多项创新成果，先后获得自治区科技二等奖7项，极大推动了我区微生物学科和农业科技的发展，已初步形成了基础扎实、特色鲜明、团队稳定、持续发展的西北地区一流的重点实验室。
实验室秉承“开放、流动、联合、竞争”的宗旨，紧密追踪微生物学科前沿发展和动态，充分发挥新疆特殊环境微生物学学科特色和优势，着力解决我区产业发展重大共性关键技术，全面提升实验室在解决我区经济发展重大问题中的能力，最终将新疆特殊环境微生物实验室建成符合微生物学科发展规律，与我区产业发展高度契合，“新疆唯一、西北第一，国内一流” 的微生物重点实验室。
根据本实验室总体目标，主要围绕新疆特殊生境微生物资源挖掘与利用；生防、促生、抗逆等微生物资源，以及动物益生菌的收集保藏、鉴定评价；微生物肥料、农业废弃物的资源化利用；微生物检测关键技术等主要研究方向，开展技术攻关。
